Początki (1878-1945) 

Klub założyła w 1878 r. grupa robotników kolejowych z Manchesteru. Nosił wówczas nazwę Newton Heath Lancashire & Yorkshire Railway, wkrótce skrócono ją do Newton Heath (potocznie zespół nazywano The Heathens). Klub był jednym z założycieli Football Alliance w 1889 r., a trzy lata później wraz z resztą zespołów dołączył do The Football League. Był wówczas jedną z trzech najsilniejszych drużyn Football Alliance, które dopuszczono do gry w pierwszej lidze (Football League First Division).

Klub stawił czoła bankructwu w 1902 r. i został uratowany przez J.H. Daviesa który spłacił klubowe długi i zmienił jego nazwę na Manchester United, zmienił również kolory drużyny ze złotego i zielonego na znane nam dzisiaj. Z nową nazwą United wygrali ligę w 1908 r. i Puchar Anglii 26 kwietnia 1909 r. grając w Crystal Palace przeciwko Bristol City. Później dzięki wsparciu finansowemu Daviesa, United przeprowadzili się z Bank Street na nowy stadion Old Trafford w 1910 r. Wygrali ligę po raz drugi już w rok po przeprowadzce na nowy stadion czyli w 1911 r.

Lata Busby'ego (1945-1969) 

Matt Busby został zatrudniony na stanowisko menadżera w 1945 r. i od razu zaszokował wszystkich wprowadzając wiele (nieznanych w tamtych czasach) nowości do treningu zawodników. Szybko przyniosło to efekt. Klub zajął drugie miejsce w lidze w 1947 r. i wygrał Puchar Anglii w 1948 r.

Prowadził politykę wprowadzania młodych zawodników na murawę, kiedy to tylko było możliwe. Zespół dzięki temu wygrał ligę w 1956 r., a średnia wieku zawodników wynosiła tylko 22 lata. Ta polityka stała się głównym powodem klubowych sukcesów. W następnym sezonie, wygrali ligę ponownie i doszli do finału Pucharu Anglii, przegrywając tylko z Aston Villą. Stali się również pierwszą angielską drużyną, która rywalizowała w Pucharze Europy i doszła do półfinału.
W kolejnym sezonie wydarzyła się tragedia. Samolot którym drużyna wracała do domu po meczu w Pucharze Europy rozbił się przy starcie z lotniska w Monachium. Tragedia ta wydarzyła się 6 lutego 1958 r., zabierając życia 8 piłkarzy i 4 członków sztabu szkoleniowego oraz 15 innych pasażerów. Wśród ofiar katastrofy byli: Geoff Bent, Roger Byrne, Eddie Colman, Duncan Edwards, Mark Jones, David Pegg, Tommy Taylor, Liam "Billy" Whelan oraz członkowie sztabu szkoleniowego Walter Crickmer, Bert Whalley oraz Tom Curry. Po katastrofie zaczęto rozmawiać o tym czy klub powinien po tym co się stało zawiesić działalność, ale Jimmy Murphy który przejął pałeczkę menadżera do chwili wyzdrowienia Matta Busby'ego z urazów odniesionych w katastrofie nie dopuścił do tego. Klub kontynuował grę z tymczasowym trenerem. Pomimo tego, po raz kolejny doszli do finału Pucharu Anglii gdzie przegrali z Boltonem.
Busby kompletnie odbudował zespół we wczesnych latach 60., zatrudniając takich piłkarzy jak Denis Law i Pat Crerand. Zespół wygrał Puchar Anglii w 1963, później zwyciężył w lidze w 1965 i 1967, a następnie jako pierwszy angielski klub wygrali Puchar Europy w 1968 r. Manchester United stał się sławnym klubem ponieważ posiadał w swoich szeregach trzech zdobywców Złotej Piłki: Bobby'ego Charltona, Denisa Lawa i George'a Besta. Busby zrezygnował z bycia menadżerem United w 1969 r. i został zastąpiony przez trenera drużyny rezerw i zarazem byłego gracza United Wilfa McGuinnessa.

1969-1986 

United walczyli pod wodzą Wilfa McGuinnessa i Franka O'Farrella zanim menadżerem stał się Tommy Docherty pod koniec 1972 r. Docherty, albo "the Doc" ("Doktorek"), uratował United przed relegacją w tym sezonie, ale United zostali relegowani w 1974 r. Zespół wygrał promocję za pierwszym podejściem i doszedł do finału Pucharu Anglii w 1976 r., jednak zostali w nim pokonani przez Southampton. Doszli do finału ponownie w 1977 r., pokonując w nim Liverpool. Docherty był na fali sukcesu i popularności. Jednak wkrótce po finale został zwolniony z fotela menadżera, ponieważ zażarcie pokłócił się z żoną psychoterapeuty United.

Dave Sexton zastąpił Docherty'ego na stanowisku menadżera latem 1977 r., i sprawił, że zespół zaczął grać formacją bardziej defensywną. Ten styl gry był niepopularny wśród kibiców, którzy byli przyzwyczajeni do ofensywnej gry, którą preferowali Docherty i Busby. Sexton nie potrafił wygrać żadnego trofea, więc został zwolniony w 1981 r., pomimo wygrania przez United swoich siedmiu ostatnich meczów pod wodzą Sextona.

Został zastąpiony przez przebojowego Rona Atkinsona, który od razu pobił brytyjski rekord transferowy zatrudniając Bryana Robsona z West Bromwich Albion. Zespół Atkinsona został wzmocniony kolejnymi nowymi graczami, takimi jak: Jesper Olsen i Gordon Strachan grającymi obok dawnych klubowych młodzików: Normana Whiteside'a i Marka Hughesa. United wygrali Puchar Anglii w 1983 i 1985 r. i były duże szanse na wygranie ligi w sezonie 1985/1986, po tym jak wygrali 10 pierwszych ligowych meczów. Bardzo wcześnie bo już na początku października mieli 10 punktową przewagę nad drugim zespołem w tabeli. Jednak forma zespołu spadła i United ukończyli sezon na czwartym miejscu w lidze. Słaba forma pozostała do następnego sezonu i United mieli w nim minimalną przewagą nad strefą spadkową, Atkinson został zwolniony.

Era Alexa Fergusona 

Alex Ferguson przybył z Aberdeen FC by zastąpić Atkinsona i poprowadził klub do 11 miejsca w lidze na koniec sezonu. W następnym sezonie 1987/1988, United zajęli 2 miejsce z Braianem McClairem w składzie, który zdobył w lidze 20 goli dla United, po raz pierwszy od czasów Georga Besta.
Jednak mimo to, United szło bardzo źle do 1989 r. i klub był bliski spadku z ligi. Dodatkowo wiele transferów Fergusona nie znalazło akceptacji fanów. Pojawiły się pogłoski o możliwości zwolnienia Fergusona na początku 1990 r., ale zwycięstwo w 3 rundzie Pucharu Anglii nad Nottingham Forest F.C. dało nadzieję na w miarę udany sezon. United zdobyli Puchar, pokonując w finale Crystal Palace.

United wygrali Puchar Zdobywców Pucharów w sezonie 1990/1991, pokonując w finale mistrza Hiszpanii – Barcelonę, ale kolejny sezon okazał się rozczarowaniem dla nich, ponieważ przegrali w końcówce tytuł mistrza ligi na rzecz Leeds United. W międzyczasie tj. w 1991 klub wszedł na Londyńską Giełdę Kapitałową i został wyceniony na 47 milionów funtów, od tej pory finanse klubu są dostępne do wglądu publicznego.

Przybycie do drużyny Erica Cantony w listopadzie 1992 r. było punktem zwrotnym w historii United. Gdy Cantona zgrał się z najlepszymi zaufanymi talentami: Garym Pallisterem, Denisem Irwinem i Paulem Incem, tak dobrze jak zrobił to Ryan Giggs który już stawał się gwiazdą, skończyli sezon 1992/1993 z tytułem mistrza Anglii. Był to ich pierwszy tytuł od roku 1967. W następnym sezonie po raz pierwszy wygrali dublet (ligę i Puchar Anglii), ale klub przeżył też smutne wydarzenie w tym sezonie. 20 stycznia 1994 r. umarł legendarny menadżer i prezydent klubu Matt Busby.

W sezonie 1994/1995, Cantona dostał zawieszenie na osiem miesięcy za wskoczenie w publiczność i zaatakowanie fana Crystal Palace Matthew Simmonsa, w meczu United na stadionie Selhurst Park. Remisując swój ostatni ligowy mecz (niewygrywając przez to ligi) i przegrywając z Evertonem w finale Pucharu Anglii, zostali największymi przegranymi sezonu. Wtedy Ferguson rozwścieczył kibiców sprzedając kluczowych zawodników i zastępując ich młodymi wychowankami klubu takimi jak: David Beckham, Gary Neville, Phil Neville i Paul Scholes. Nowi zawodnicy szybko stali się regularnymi reprezentantami Anglii. Radzili sobie zaskakująco dobrze i United wygrali dubla ponownie w sezonie 1995/1996. Po raz pierwszy zdarzyło się, że angielski zespół zdobył dubla dwa razy.
Wygrali ligę ponownie w 1997 r. i Eric Cantona ogłosił, że przechodzi na futbolową emeryturę w wieku lat 30. Kolejny sezon (1997/1998) zaczęli dobrze, ale ukończyli go na drugim miejscu, za Arsenalem, który wygrał dubla w tym sezonie.

Potrójna korona (1998-1999) 

1998/1999 był sezonem, w którym Manchester United odniósł największe sukcesy, w całej angielskiej historii klubów piłkarskich. Jako, że stali sie pierwszym i jedynym angielskim zespołem, który wygrał "potrójną koronę" – Premier League, Puchar Anglii i Ligę Mistrzów w jednym sezonie. W finałowym meczu tego sezonu pokonali Bayern Monachium w finale Ligi Mistrzów 2:1, pierwszy gol został strzelony w ostatniej minucie meczu, drugi w doliczonym czasie gry, oba przez późno wprowadzonych rezerwowych Teddyego Sheringhama i Ole Gunnar Solskjæra. Alex Ferguson otrzymał później tytuł szlachecki za swój wkład w rozwój angielskiego futbolu.

Po potrójnej koronie (1999-2007)

United wygrali ligę w 2000 i 2001 r., ale prasa zauważyła, że w tych sezonach zawalali walkę o odzyskanie Pucharu Ligi Mistrzów. Ferguson zaadoptował bardziej defensywne taktyki, aby sprawić, by United byli ciężsi do pokonania w Europie, ale nie przyniosło to spodziewanych efektów i United skończyli sezon na 3 miejscu w 2002 r. Odzyskali tytuł mistrza Premiership w następnym sezonie (2002/2003) i zaczęli dobrze kolejny sezon, ale ich forma spadła znacząco kiedy Rio Ferdinand został zawieszony na osiem miesięcy, za nie zgłoszenie się na badanie antydopingowe. Jednak wygrali Puchar Anglii w 2004 r. eliminując z rozgrywek Arsenal (późniejszego zwycięzcy Premiership), który stał na ich drodze do finału, w którym pokonali Millwall.

Sezon 2004/2005 charakteryzował się w grze United małą skutecznością strzelecką, spowodowane to było głównie przez kontuzję napastnika Ruuda van Nistelrooya. United zakończyli ten sezon bez żadnego trofeum i na 3 miejscu w lidze. Tym razem nawet "nagroda pocieszenia" (Puchar Anglii) przepadła im, gdyż przegrali w finale w rzutach karnych po bezbramkowym meczu z Arsenalem. Poza murawą głównym tematem była możliwość przejęcia klubu na koniec sezonu, przez biznesmena z Tampy na Florydzie, Malcolma Glazera, który aktualnie posiadał na własność zespół Tampa Bay Buccaneers, który gra w futbol amerykański. Glazer przejął kontrolę nad interesami klubu.

pomocnik Roy Keane i dołączył do Celtiku – klubu któremu kibicował za młodu. Keane odszedł, gdy publicznie skrytykował grę niektórych swoich klubowych kolegów, za marną postawę w fazie grupowej Ligi Mistrzów. United zajęli czwarte, a zarazem ostatnie miejsce w grupie i odpadli przed fazą pucharową. Zdarzyło się to po raz pierwszy od ponad dekady. Ten sezon wypadł słabo również dlatego, że czołowi gracze zespołu m.in. Gabriel Heinze, Alan Smith i Paul Scholes doznali poważnych kontuzji. Jednakże nie skończyli sezonu z pustymi rękami, wygrali Puchar Ligi Angielskiej 2006, pokonując w finale beniaminka Wigan Athletic 4:0. United zapewnili sobie także 2 miejsce w lidze i co za tym idzie automatyczną kwalifikację do fazy grupowej Ligi Mistrzów, pokonując w finałowym dniu sezonu Charlton Athletic 4:0. Także w 2006 roku nowym sponsorem United zostało AIG, którego logo widnieje na koszulkach Manchesteru od początku nowego sezonu 2006/2007.

Podwójna korona (2007-2008) 

W sezonie 2007/2008 Manchester United chciał obronić tytuł mistrza Anglii. Najważniejszym czynnikiem który pozwolił na obronienie tytułu była nierówna gra ich rywali. Na początku Arsenal regularnie zmieniał się z Manchesterem na pozycji lidera tabeli. W rundzie wiosennej jednak kontuzji dostał napastnik londyńczyków Eduardo, zaś prowadzony przez Arsene'a Wengera młody zespół zaczął tracić punkty. Kiedy wydawało się, że Manchesterowi United nic nie stanie na przeszkodzie w zdobyciu mistrzostwa, nagle "obudziła się" Chelsea FC. Szybko dogoniła Manchester, który utrzymywał się do końca sezonu na 1. miejscu dzięki lepszemu bilansowi bramkowemu. Walka toczyła się do ostatniej kolejki, w której Manchester grał z Wigan Atletic, a Chelsea z Boltonem Wanderers. 11 maja 2008 r. Manchester United pokonał na wyjeździe Wigan Athletic 2:0 (1:0) i po raz 17. w historii klubu został mistrzem Anglii. 21 maja 2008 r. na stadionie Łużniki w Moskwie w finale Ligi Mistrzów, zespół rozegrał mecz z wicemistrzem Anglii – Chelsea Londyn. Regulaminowy czas gry skończył się wynikiem 1:1. Po bezbramkowej dogrywce odbyły się decydujące o wyniku rzuty karne, w których Manchester wygrał 6:5.

Czasy współczesne (2008-obecnie) 

United rozpoczęli sezon 2008/2009 od zwycięstwa 3:1 po karnych (0:0 w meczu) z Portsmouth w meczu o Tarczę Wspólnoty, był to już 17. triumf klubu w tych rozgrywkach. Kolejne miesiące to słaba postawa w Premier League i porażka 1:2 z Zenitem Sankt Petersburg o Superpuchar Europy. W grudniu 2008 roku Manchester United po raz pierwszy w historii zwyciężył w Klubowych Mistrzostwach Świata. 
1 marca 2009 roku Manchester United zdobył Puchar Ligi Angielskiej po raz trzeci w historii. W finale rozgrywek pokonał Tottenham Hotspur po rzutach karnych 4:1 (0:0 w meczu). 16 maja 2009 r. klub zagwarantował sobie 18. tytuł mistrza Anglii, wyrównując rekord Liverpoolu. W Lidze Mistrzów UEFA dotarł do finału, w którym przegrał 0:2 z FC Barceloną.